In der neunten oder zehnten Klasse bereiten sich die Schüler/innen ihren Lernfähigkeiten entsprechend mit individueller Unterstützung der Lehrkräfte auf den externen Schulabschluss (auf den M-Zweig Abschluss, Mittlere Reife oder den Qualifizierenden Hauptschulabschluss) vor. Die Prüfung legen sie dann in der externen Prüfungsschule ab.
Die Schüler/innen haben in ihrer Schulzeit in der Aton-Schule, oft seit der ersten Klasse, keine Tests oder Klausuren geschrieben und wurden auch nicht benotet. Mit der Bereitschaft und Eigeninitiative jetzt ihre Prüfung ablegen zu wollen, vertiefen sie die erarbeiteten Inhalte, so dass sie für die Prüfungen vorbereitet sind.
In all den Jahren (seit 2008) haben bis heute nur drei Schüler aus besonderen persönlichen Gründen die Prüfung nicht bestanden. Alle anderen haben ihre Abschlussprüfungen gut bestanden und viele mit sehr guten Ergebnissen.
Die Lehrer der Aton-Schule arbeiten in guter Kooperation mit der Prüfungsschule zusammen, unterstützen diese bei der Abnahme der Prüfungen und können die Schüler der Aton-Schule so bei einer gezielten Prüfungsvorbereitung unterstützen.
Durch Theaterspiel, Musizieren, Singen und Bewegung wird das intensivere Erarbeitend der Prüfungsinhalte aufgelockert und erleichtert.
Einige Schüler/innen der Aton-Schule gehen nach erfolgreichem Abschluss des M-Zweiges anschließend in der Montessori-Oberschule (MOS), in Fachoberschulen oder Gymnasien weiter, um die Hochschulreife (Abitur) zu erlangen.